Water speelt in het Kastanjebos een vooraanstaande rol. Niet alleen is de kenmerkende flora afhankelijk van hoge waterstand en de kwaliteit van het water, maar er wordt ook water gewonnen voor drinkwaterconsumptie.
Laten we de watercyclus vanaf het begin onder de loep nemen. Het water valt als regen of onder een andere neerslagvorm neer op de heuvels ten zuiden van Herent. Daar dringt het de bodem in en begint het aan een traject van tientallen jaren waarbij het gezuiverd en met mineralen aangerijkt wordt. Via ondergrondse waterstromen beweegt het zich in de richting van de vlakte, waar het Kastanjebos één van de laagste punten vormt. Na een 60-tal jaar wordt het water opgestuwd in de vorm van kwel.
Dit heeft twee gevolgen. Nu nog is de grondwaterstand in de winter, als er ook veel neerslagwater in het gebied aanwezig is, hoog. Het natte karakter van onze hooilanden en de aanwezigheid van Dotterbloem in het gebied zijn daardoor verzekerd. Dat de oude naam van de Lipselaan „Broekstraat“ was , vormt een andere illustratie van dit gegeven. Door de aanrijking van het water met mineralen en vooral met kalk voelen heel wat kalkminnende soorten zoals Knolsteenbreek en Herfsttijloos zich thuis.
Dit water is bovendien uitermate geschikt als drinkwater. De Vlaamse Maatschappij voor Watervoorziening gebruikt dan ook sinds 1968 het Kastanjebos als waterwinningsgebied. Waar er eerst uit ondiepe putten (tot 10 m diepte) gepompt werd, wordt er sinds 1994 uit diepe putten tot 40 m gepompt. Rond de putten ontstaat een „afpompingskegel“. Binnen deze kegel ontstaat er duidelijk een verdroging van het gebied. Waar vroeger de greppels ook in de zomer nat waren, liggen deze nu droog.
In het kader van het beheer van het reservaat wordt sinds juni 1993 op regelmatige basis het peil van het grondwater opgenomen. Hiervoor zijn op verschillende plaatsen peilbuizen geplaatst. De waarden, gemeten in de peilbuis vlak bij het natste deel van het hooiland, zijn uitgezet in figuur hiernaast. Indien het water tot op de hoogte van het maaiveld staat, wordt een diepte van 0 cm gemeten. Uit de meetresultaten is af te leiden dat de waterstand in deze peilbuis van 1993 tot 2002 gevarieerd heeft tussen 0 cm tot 250 cm onder het maaiveld.

Het seizoensverloop valt onmiddellijk op. In de winter is het waterpeil hoog, in de zomer is het waterpeil beduidend lager. Dit is niet zozeer een gevolg van een grotere hoeveelheid neerslag die in de winter zou vallen ( juli is bijvoorbeeld gemiddeld gezien de natste maand van het jaar). Het is vooral de grotere verdamping tijdens de zomermaanden die een belangrijke rol speelt. Dit effect wordt versterkt door loofbomen, die vanaf begin mei allemaal in blad staan. Tijdelijke pieken in de hoeveelheid neerslag, zoals de zeer natte maand september in 2001, zijn natuurlijk wel direct in de grafiek waar te nemen.
Over de jaren heen valt vooral het lage grondwaterpeil van 1996 tot en met 1998 op. Of er een verband is met het in dienst stellen van een bijkomende diepe put in 1995 kan op basis van de huidige gegevens niet uitgemaakt worden. Het herstel van het grondwaterpeil sinds 1999 loopt samen met een aantal opeenvolgende natte winters en lentes. Het effect hiervan moet wel gerelativeerd worden, omdat het hier gaat om regenwater en niet om kalkrijke kwel.